На данный момент идёт время начала Шиппудена, за исключением определённых изменений:

* При нападении на Коноху, Сарутоби удалось прийти на помощь Минато, в результате чего запечатывание девятихвостого производит он и Узумаки Кушина. Сам Минато, в это время, обезвреживает и устраняет человека в маске, которым оказывается его ученик Учиха Обито. В результате этого события, план Глаз Луны, который собирался совершить Мадара безвременно приостановлен. Зецу приходится искать нового Учиху, который может занять место Мадары и достои звания реинкарнации Индры. Поиски идут по сей день.


* Нагато, который ныне именует себя Пейн, успел встретиться с Учиха Обито и в результате смерти Яхико, он даже принял его правоту. Однако, в результате того, что Обито скончался, Пейн так и не получил инофрмации о том, что согласно плану ему требуется заполучить девять биджу. На данный момент, Пейн - строгий и жестокий правитель, который находится в Амегакуре. В его планах уже сейчас имеется захват всего мира его селением.


* Клан Учиха не был вырезан. Наличие на посту Хокаге Минато, позволило решить ситуацию в пользу красноглазых. Он не прислушался к Данзо и совету и пошёл на переговоры с Фугаку Учиха. В ходе этого старые проблемы между деревней и Учиха были урегулированы. Время шло, Фугаку стал слишком стар, чтобы вести за собой клан. Его место занимает его сын - Учиха Итачи. Величайший гений среди Учиха, за несколько поколений. Направлять силы клана в нужное русло ему помогает его друг и брат, Учиха Шисуи.


* У Хьюга тем временем начался конфликт внутри клана. Побочная ветвь захотела стать равной главной ветви и требует того, чтобы с них убрали печати, которые позволяют убить их в любой момент. Ведёт за собой побочную ветвь гений нового поколения - Хьюга Неджи. Именно в нём воплотилась вся сила главной ветви, что заставляет многих из неё задуматься о том, что возможно в их словах есть какая-то правда.


* После смерти Обито, Ягура очнулся от контроля силой шарингана. Однако психика его оказалась навсегда повреждена, в результате чего селению пришлось перепечатать биджу в другого шиноби. Ягура скончался. Привело это к обострению отношений между Туманом и Листом. Туман требует покарать Учиха за то, что они сделали с их каге и к чему привели их селение. Однако Минато, понимающий, что вины клана в совершённом Обито нет - категорично отказал туману в их праве мести.


* За исключением Наруто, Би и Гаары на ролевой другие джинчурики см. Акции.


* Наруто и Саске изменений практически не претерпели, но стоит упомянуть не маловажные факты.
Наруто всё ещё ребёнок, ищущий внимания отца. Он не отличается его талантом и в селении его не любят так сильно, как отца. В результате чего он всеми силами пытается привлечь его. В ходе обучения в академии, он пересекается с Саске, который имеет в общем-то те же проблемы, что и сам Наруто. Саске всеми силами пытается привлечь внимание отца к себе и завидует тому, насколько талантлив его брат. В результате этой зависти, Учиха даже не понимает насколько одарён он сам. Между ними завязывается дружба, но в ходе экзамена на Чунина, Саске встречается с Орочимару, который предлагает ему обучение, в ходе которого он станет не слабее, чем его брат. История повторяется и Саске принимает предложение. Однако в ходе побега из селения, его брат, Учиха Итачи ловит его и возвращает обратно, что вновь меняет курс сюжета на противоположный.


* Как уже было упомянуто, Акацуки отсутствуют, пройдёмся в кратце по не упомянутым членам этой организации
Дейдара - является нукенином S ранга из селения Камня. В данный момент странствует и показывает своё искусство миру. Подрабатывает наёмником.
Кисаме - является нукенином S ранга из Кири. В данный момент является наёмником. После знакомства с Обито, он узнал, что план потерпел крах, когда человек в маске погиб и теперь странствует в поисках нового смысла жизни.
Сасори - продолжает заниматься своим искусством, является нукенином S ранга из селения песка.
Хидан - нукенин S ранга, который в данный момент занимается созданием культа Джашина, а так же поиском новых последователей для своей религии.
Какудзу - нукенин S ранга, который в данный момент занят лишь одним. Поиском денег.
В остальном - большая часть их текущих занятий на игроках


В ходе игры список будет дополняться.